本发明公开了一种机电设备故障诊断方法及系统，所述机电设备轴承竖直方向上不同测点安装有振动速度传感器和振动加速度传感器，所述振动速度传感器和所述振动加速度传感器用于采集振动信号，该方法包括：所述机电设备将所述振动信号发送给云端；所述云端对所述振动信号进行中值滤波和小波包降噪处理，得到降噪后的信号；所述云端对所述降噪后的信号进行倒频谱分析，得到倒频谱信号；所述云端根据所述倒频谱信号进行故障诊断。本发明提供的机电设备故障诊断方法及系统，用于解决现有技术故障诊断方法不能检测出机电设备不平衡、不对中的技术问题，提高故障诊断的准确度。