本发明公开了一种芍药苷分子印迹聚合物及其制备与应用，所述聚合物按如下方法制备：取硅胶，分散在无水乙醇中，然后加入交联剂，功能单体和苯基三甲氧基硅烷，室温振荡30min后，加入芍药苷乙醇溶液，二次蒸馏水，浓HCl，室温下反应4h，过滤，滤饼先用无水乙醇洗涤，干燥，然后用体积比9:1的甲醇－乙酸洗涤至洗涤液在230nm处无紫外吸收，再用甲醇洗涤除去残留的乙酸，最后干燥至恒重，即得到芍药苷分子印迹聚合物；本发明采用溶胶－凝胶法制备具有双功能单体的芍药苷分子印迹聚合物，能很好地从芍药花提取液中富集芍药苷，富集率最高可达90％，并且能够去除芍药花提取液中的其他杂质。