本发明公开了一种具有突出三次空间谐波的轴对称周期永磁聚焦系统，包括多个长度为L的永磁聚焦单元，每个永磁聚焦单元从左至右依次包括：第一磁极(1)；第一永磁体(2)，该第一永磁体(2)的N极连接于所述第一磁极(1)；第二磁极(3)，该第二磁极(3)连接所述第一永磁体(2)的S极；以及第二永磁体(4)，该第二永磁体(4)的S极连接于所述第二磁极(3)。本发明提出的一种具有突出三次空间谐波的轴对称周期永磁聚焦系统，在不缩小周期永磁聚焦系统的周期L的条件下，达到所需的峰值轴向磁场强度Bm，同时利用周期永磁聚焦系统在轴线上的磁场分布的三次空间谐波抑制了电子注半径的波动，达到了维持电子注稳定通过目的。