本发明公开了一种构建卷丹百合高效遗传转化体系的方法，包括以下步骤：外植体的获取、农杆菌的活化、农杆菌侵染与共培养和诱导芽分化及生根。本发明以卷丹百合无菌小鳞片2~3mm薄层切片为转化材料，通过培养基改良和农杆菌菌液浓度及侵染时间的优化，建立了卷丹百合的高效遗传转化体系。卷丹百合瞬时转化效率为80%以上，稳定转化率为25.00%以上，转化效率高、不易染菌、不易产生嵌合体。本发明解决了以无菌小鳞片为外植体或单纯利用tTCL技术，获得卷丹遗传转化效率低的问题；同时克服了以卷丹愈伤组织为转化受体，由于愈伤组织对农杆菌过于敏感而最终无法获得转基因植株的缺陷，对农杆菌敏感型百合的遗传转化体系构建具有重要的指导意义和借鉴价值。