本发明涉及一种含海水淡化负荷的微网功率调度方法和系统，包括：根据预先构建的微网优化调度模型，获取微网中功率设备的最优功率调度方案；利用微网的功率调度方案调整微网中功率设备的功率。本发明提供的技术方案在两级时间尺度上对微网的功率设备进行优化调度，在时段尺度下考虑了微网运行时的经济成本及淡水需求对微网的海水淡化负荷特性的影响，提升了微网中功率设备的功率调度方案适用性能，在时刻尺度下实现微网的实时功率平衡，提高了微网的运行稳态性能。