本公开一种微流控生物芯片扫描信号检测装置，包括：原始扫描信号的获取与滤波模块获取微流控生物芯片待测区及流道上的被诱导荧光信号的扫描信号；扫描信号的小波变换模块获取T、C区扫描信号长度；扫描信号的等时间长度确定模块获取T区和C区的有效信号长度；信号提取模块提取T区和C区有效扫描信号；信号均匀化重建模块对T、C区有效扫描信号的均匀化重建；被检物的浓度计算模块，依据T、C区重建后的扫描信号的面积，获取被检物的浓度。上述装置应用于微流控生物芯片扫描式检测过程中，能够解决对被诱导荧光在T区与C区内被提取信号长度不一致、区域内被测信号分布不均匀等的问题。