本发明涉及一种含海水淡化与清洁能源的冷热电联供系统及最优运行方法，其技术特点在于：包括：能源供应模块，能量生产、存储与转换模块，以及能源消耗模块；所述能源供应模块包括上级电网和燃气网，用于电能及天然气能的供应；所述能量生产、转换与存储模块包括CHP机组、风机和光伏、燃气锅炉、电制冷机和吸收式制冷机。本发明基于海水淡化装置的负荷特性及其他关键设备和可再生能源的特点，考虑经济和环境效益，构建了CCHP系统的最优规划和运行策略，考虑了电气冷却比和关键设备的容量、投资成本，运营成本和维护成本，能源成本和碳税等。