本发明提供一种图像融合质量评价方法和系统。其中，方法包括：获取融合后的图像与融合前的图像每个对应位置的像素点的灰度值之差；根据每个对应位置的像素点的灰度值之差，获取融合后的图像中每个像素点的瑕疵度；根据融合后的图像中全部像素点的瑕疵度，获取融合后的图像的融合质量评价结果。系统包括：灰度差模块，用于获取融合前后每个对应像素点的灰度值之差；瑕疵获取模块，用于根据灰度值之差获取每个像素点的瑕疵度；质量评价模块，用于根据瑕疵度获取融合质量评价结果。本发明提供的一种图像融合质量评价方法和系统，能够客观、定量地反映融合后的图像与预期图像融合结果之间的差异，获得接近人眼观感的图像融合质量评价结果。