本发明公开了一种换流阀保护方法和系统，通过当双极柔性直流输电系统发生故障时，若故障为第一类故障，阀控装置生成对应所述第一类故障的第一保护信号，并发送至极控装置；所述极控装置基于所述第一保护信号执行第一保护操作；若故障为第二类故障，所述阀控装置生成对应所述第二类故障的第二保护信号，并发送至所述极控装置，所述极控装置基于所述第二保护信号执行第二保护操作。通过上述公开的换流阀保护方法，根据不同故障采用不同方式对换流阀、以及换流阀的直流断路器和交流断路器进行控制，从而达到对换流器保护的目的。