本发明公开了一种富硒鲟鱼骨肽的提取方法，包括(1)将鲟鱼鱼骨原料，进行粉碎过160至300目筛，得到鱼骨粉；(2)将步骤(1)中获得的鱼骨粉进行第一次酶解，降解鱼骨胶原蛋白骨架，获得酶解粗产物；(3)将步骤(2)中获得的酶解粗产物进行第二次酶解，获得酶解精产物，使得富硒糖蛋白降解为小分子多肽，其中分子量小于250Da的多肽质量比例超过80％；(4)将步骤(3)中获得的酶解精产物，进行脱盐处理，获得脱盐后的酶解精产物；(5)将步骤(4)中获得的脱盐后的酶解精产物固液分离后，取液相干燥，即制得所述鲟鱼骨肽。实验显示，本发明提供的富硒鲟鱼骨肽产品，吸收效果良好，具有明显的抗衰效果。