本发明涉及一种加州鲈鱼养殖中保肝健肠的复合制剂及其制备方法，属于水产养殖技术领域。其利用丁酸梭状芽孢杆菌和鼠李糖乳杆菌形成混合菌种，在以杜仲叶、水飞蓟果实、麸皮、次粉、米糠和无机盐等为基础的固体物料中发酵，生成具有较高活菌数的混合发酵产物，将其低温烘干粉碎后再按一定比例与月桂酸单甘油脂和胆汁酸混合，经包装形成可保护加州鲈鱼肝脏、提高肠道活力、促进消化、抑制病原生物、提高免疫力的复合制剂。本发明活性高、保存期长、使用方便，直接添加于饲料中投喂，通过加州鲈鱼—肠壁修复－肠道微生态平衡－胆汁酸代谢轴来保肝健肠，有效地去除加州鲈鱼肝脏中的脂质累积，修复肠道壁，保证肠道中有益菌群的数量、拮抗病毒和细菌的侵染，促进消化，减轻病害的发生，提高养殖产量和质量。