本发明公开了一种地理信息数据复合加密系统，从下往上分别设置有IT基础设施层、数据层、逻辑层和应用层，其中所述IT基础设施层用于为系统提供基础设备，保障系统的正常运行；所述数据层用于为系统提供数据文件的存储和查询，所述数据文件包括密钥与操作日志；所述逻辑层用于提供应用层中各种处理业务逻辑的接口；所述应用层用于基于当地地理信息主管部门加密系统与圆周率智能锁系统，利用混合加密算法，实现地理信息数据的复合加解密；所述应用层包括复合加密管理模块、复合加密密码模块、复合加密授权模块、复合加密日志模块、复合加密功能库模块。其显著效果是：实现了地理信息数据双系统复合加密，显著提高了地理信息数据的安全性。