本发明公开了一种利用微波对柑橘进行脱毒的方法，涉及微波应用技术领域，其特征在于微波预处理时，微波照射频率为1.0 GHz‑3.0 GHz、功率为100‑900 W，微波照射时间为5‑20 s，然后停顿10‑30 s，重复操作3‑10次，将柑橘各部位温度加热至40‑45℃，并维持恒温30‑60 s；然后调整微波照射频率为350 MHz‑950 MHz、功率为1000‑3000 W，微波照射时间为3‑10 s，然后停顿20‑60 s，重复操作5‑20次，将柑橘各部位温度加热至50‑55℃，并维持恒温1‑5 min，利用微波照射对柑橘脱毒。本发明可以使柑橘各部位较快而均匀地达到韧皮杆菌致死温度，而树体不受影响，并且在微波电磁场的非热效应下，韧皮杆菌内的核酸和蛋白质等分子容易变性失活，达到双重杀菌效果，经微波脱毒后的柑橘采用GB/T 28062‑2011《柑桔黄龙病菌实时荧光PCR检测方法》检测，黄龙病转阴率≥82%，是一种高效、快速和环保的柑橘脱毒方法。