本发明公开了一种添加含氟聚合物改性蒙脱土的耐磨疏水环氧树脂防腐涂料及其制备方法与应用。该涂料具体组成成分的质量份数如下：A组份组成包括环氧树脂100份，含氟聚合物改性蒙脱土0.5～10份，活性稀释剂0～20份，填料0～100份，硅烷偶联剂0.5～3份，润湿分散剂0.1～2份，溶剂0～50份；B组份组成包括固化剂100份，消泡剂0.05～0.5份，流平剂0.05～0.5份，溶剂0～20份；A组份与B组份的质量比为100:20～100。本发明由添加含氟聚合物改性蒙脱土的耐磨疏水环氧树脂防腐涂料制得的防腐涂层具有良好的疏水和腐蚀防护性能，且涂层在摩擦磨损等情况下，能够长久保持良好的疏水防护能力。