本发明涉及一种复合微生物制剂、其制备方法及应用，所述复合微生物制剂由如下重量份的原料配比组成：醋糟50～100份、废糖蜜10～20份、豆粕粉2～5份、混合菌液0.5～1份、蔗糖酶0.1～0.2份；所述混合菌液是由巨大芽孢杆菌、根瘤菌、固氮菌、光合细菌、枯草芽孢杆菌、假单胞菌、放线菌、根瘤菌按照1～3:2～4:3～6:2～5:1～2:1～4:3～5的体积比混合组成。本发明的菌剂用于盐碱地土壤改良修复，可有效降低土壤的pH值，增加土壤有机质含量和有益菌群的数量和多样性。