一种菟丝子拟雌激素作用质量标志物的筛选方法及其特征图谱的构建与应用，属于中药质量控制技术领域，针对如何筛选菟丝子拟雌激素作用质量标志物以及如何把控菟丝子质量的问题，本发明以小粒菟丝子为研究对象，采用小鼠子宫增重实验、子宫上皮组织染色以及雌激素水平检测实验来评价菟丝子不同极性部位的雌激素活性，结合UPLC/Q-TOF-MS对菟丝子不同极性部位分析得到的指纹图谱，进行谱效分析得到与10个与拟雌激素作用高度关联的成分，并结合成分解析的结果，进一步建立其特征图谱，本发明可用于菟丝子质量控制。