本发明提供一种PCB顶针模板自动设计方法及系统、存储介质及终端，包括以下步骤：获取PCB板的PCB CAD文件，生成辅助设计数据；基于所述PCB CAD文件判断所述PCB板是否为拼板；若是则完成拼板；根据所述辅助设计数据基于预设设计规则生成所述PCB板的顶针设计文件；基于预设检测规则检测所述顶针设计文件是否合格；若否，修改所述顶针设计文件，直至合格；在合格的顶针设计文件中添加辅助加工层数据，以生成顶针模板加工数据。本发明的PCB顶针模板自动设计方法及系统、存储介质及终端无需人工干预，能够实现自动化的PCB顶针模板设计，实用性强。