本发明公开了提高克氏原螯虾养殖成活率的复合制剂及其使用方法。该制剂主要包括组分A和组分B。其中组分A为芽孢杆菌属30-50%及好氧反硝化菌50-70%；组分B为群感效应淬灭剂10-15%，增效剂10-15%，絮凝剂20-30%，表面活性剂10-15%，增氧剂20-30%。本制剂先使用组分B，同时组分A经扩培后延后使用。本制剂可改善养殖环境底部氧化还原电位，降低养殖水体蓝藻、铜绿微囊藻的繁殖，通过组分A与组分B的协同序列施用，基于群感效应淬灭、微生物生态占位、微生物基质竞争、微生物代谢产物抑制等原理削减底部环境有害菌群与水体有害藻类，从而基本杜绝藻毒素、硫化氢、氨氮、亚硝酸盐等有毒物质产生，进而提高养殖克氏原螯虾的成活率。本制剂具有起效快且效果可持续性强等优点。