本发明涉及一种基于计数器的晶振守时方法及控制电路，利用MCU微控制单元的高精度计数器对温补晶振输入的方波脉冲进行计数；以卫星信号接收机输入的秒脉冲信号作为频率基准对晶振的输出频率进行测量；频率偏差以脉冲计数器的计数值减去晶振的额定频率得到的整数值表示；将初始得到的频率偏差输入卡尔曼滤波器将环境的随机误差滤除后再输入到动态加权平均学习算法中建立温度和频率偏差值的动态模型。本发明基于计数器的晶振守时方法，针对低精度的温补晶振可以显著的校准晶振的频率输出提高守时精度；对恒温晶振的驯服有显著效果；简化了硬件晶振驯服电路，缩小了硬件体积节约了硬件实现成本。