本发明公开了一种基于位置组合的密钥生成方法和加密传输数据方法及系统，其中密钥生成方法包括：1、确定通信所使用的长密钥，所述长密钥长度为N；确定短密钥长度K和位置码长度m，N>K>m；2、确定位置码本，所述位置码本包括多个不同的位置序列及各位置序列对应的编号，每个位置序列为从N个位置中选择K个位置排列构成；3、随机生成长度为K的短密钥，短密钥前m位为位置码，查询位置码本中编号与所述m位位置码对应的位置序列q，将随机短密钥中的K个码元与长密钥中位置序列q所对应的K个位置上的码元进行运算，得到长度为N的加密密钥。该方法在保证加密安全性要求下能够减少数据帧发送密钥长度所需要的通信开销。