本文提供了用于制备包括来自多个单细胞的核酸的测序文库的方法。在一个实施方案中，测序文库包括来自多个单细胞的全基因组核酸。在一个实施方案中，方法包括通过化学处理生成核小体耗尽的细胞核，同时维持细胞核的完整性。本文还提供了组合物，诸如包含经化学处理的核小体耗尽的分离的细胞核的组合物。(56)对比文件Darren A Cusanovich et al..Multiplexsingle cell profiling of chromatinaccessibility by combinatorial cellularindexing《.Science》.2015,第348卷(第6237期),910-914.Jason D Buenrostro etal..Transposition of native chromatin forfast and sensitive epigenomic profilingof open chromatin, DNA-binding proteinsand nucleosome position《.Nat Methods》.2013,第10卷(第12期),1213-1218.