本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪体长相关的InDel分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，得到一种与猪体长性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该序列的第51‑52位碱基处存在一个AT/A的碱基缺失。当个体拥有该InDel时，具有更小的体长。本发明公开了筛选与猪体长相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。为猪体长的标记辅助选择提供了一个新的InDel分子标记资源。