本申请提出一种基于图神经网络的辅助诊断方法、装置、设备及存储介质，其中，该方法包括：从病例文档中提取得到病例关键词；至少根据提取得到的各个病例关键词以及所述病例文档，构建拓扑结构图，所述拓扑结构图用于表示病例关键词之间，以及病例文档和病例关键词之间的关联关系；利用预先训练的图神经网络对所述拓扑结构图进行处理，确定与所述病例文档对应的疾病诊断结果；其中，所述图神经网络至少通过对拓扑结构图进行处理确定疾病诊断结果训练得到。该方法以病例文档为基础，借助图神经网络对患者疾病进行诊断，实现了自动化的辅助诊断，将该方案应用于临床可以显著减轻医生工作量，提高疾病诊断效率。