本发明公开了一种内部气压分布不均匀的离子阱及其工作方法，包括：在其中一个电极上开设有进气口(1、2、3、4、5、6、7、8、9)，用于往离子阱内部空间通入背景气体，且背景气体的进气方向不与离子阱的电场中心区域交叉，以构造与离子冷却时运动区域(100)至少部分重叠的气压带(10、20、30)，使得离子在冷却过程中碰撞所述气压带(10、20、30)而降低动能。在离子阱的整个工作过程中，或者，在离子入射及冷却阶段，通过所述进气口往离子阱内通入背景气体。