本发明涉及数字化变电站继电保护领域，尤其涉及电子式互感器数据采集异常的差动保护闭锁系统及方法，该系统包括异常数据故障算法模块、保护运行主程序算法模块、保护动作输出算法模块，保护动作输出算法模块与所述异常数据故障算法模块的输出接口连接判断是否开放动作输出，通过与所述保护运行主程序算法模块的输出接口连接来判断差动保护是否启动；合并单元输出端分别与异常数据故障算法模块和保护运行主程序算法模块的输入端连接。该发明的优点在于：本发明构建了具有独立运行能力、且能够并行执行及具有独立接口的各种算法模块，通过各模块的组合使用可完成差动保护从而对异常数据判断及闭锁。