本发明公开了一种搭载瞬变电磁双拖体的海底自然电位观测方式及电干扰校正方法，瞬变电磁仪的双拖体之间通过中继缆连接，将电极缆绑在中继缆上，电极缆上依次布置多组AgCl不极化电极对，每组的电极距相同；利用双拖体的弱正浮力将电极缆拉平，形成水平观测；本发明使得在海底水平拖曳观测自然电位的过程中电极距恒定，排除因电极距变化造成的自然电位假异常，由超短基线及姿态传感器进行定位并记录水平偏角，拖曳过程中保持电极缆水平；其次与瞬变电磁仪探测的电导率异常对比，排除海底底流引起的电位异常干扰；另外利用形态学方法去除瞬变电磁电信号的干扰，提高了滤波的效果。本发明为更加精准的观测海底矿体产生的自然电位提供保障。