本发明公开了一种百万核电机组汽缸全缸通流间隙数据的计算方法及系统，包括：S1.分别测量百万核电机组汽缸上半汽缸、下半汽缸中分面的形貌数据，获得上半汽缸、下半汽缸中分面变形情况；S2.根据上半汽缸、下半汽缸3D扫描数据或制造加工图纸分别建立上半汽缸、下半汽缸的有限元模型，并根据有限元模型以及上半汽缸、下半汽缸中分面变形情况分别计算上半汽缸、下半汽缸转换至全缸状态下的半缸至全缸变形量；S3.根据半缸至全缸变形量修正半缸通流间隙数据，得到全缸通流间隙数据。本发明的百万核电机组汽缸全缸通流间隙数据的计算系统及方法中，免除大修中扣缸执行全缸相对于半缸状态变形量测量工作，减小大量人力物力投入，为核电站带来显著经济效益。