本发明属于薄煤层开采领域，提供了一种薄煤层工作面留巷的平行四边形孤岛煤柱的设置方法，包括以下步骤：掘进本工作面的回风顺槽时，在靠近工作面一侧间隔掘进平行四边形的回风联络巷，直到回风顺槽掘进到预定位置，回风联络巷之间留设平行四边形的孤岛煤柱；工作面向前推进时，仅回采本工作面运输顺槽到回风联络巷的边缘之间的煤炭，回风联络巷之间的孤岛煤柱不回采，推过回风联络巷后，将回风联络巷兼作安全出口；随着工作面交替推过孤岛煤柱和回风联络巷，依次按照上述步骤开采本工作面；将本工作面的回风顺槽作为下一工作面的回风顺槽，对下一工作面进行开采。本发明可以提高煤矿开采安全性，可以广泛应用于煤矿领域。