本发明公开了一种稻白色绿核菌交配型基因双重PCR检测引物及其检测方法和应用，解决的问题是稻白色绿核菌交配型基因与稻白色绿核菌菌核形成、遗传多样性分化、致病力分化有极大的相关性，研究稻白色绿核菌交配型基因作用非常重要。本发明所述稻白色绿核菌交配型1型基因检测引物对所示的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，所述稻白色绿核菌交配型2型基因检测引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。本发明只需一次检测便能判定样本是否属于交配型1型或者交配型2型，或者交配型1、交配型2混合类型，灵敏，便捷、特异性强、敏感性高、可靠性好。