本发明公布了一种保安过滤器和反渗透膜的杀菌方法，涉及保安过滤器和反渗透膜除菌清洁技术领域。通过在保安过滤器前安装一台杀菌剂投加计量泵，杀菌前停止还原剂的投加，开启杀菌剂投加计量泵对保安过滤器及反渗透膜进行杀菌，连续循环对保安过滤器及反渗透膜进行在线杀菌，杀菌剂全部添加之后恢复还原剂的添加，根据反渗透运行温度30℃‑35℃每周杀菌一次，35℃‑40℃每周杀菌二次。本发明针对传统的杀菌方法存在的多项缺陷，提供了一种改进的杀菌方法，能够及时有的效抑制保安过滤器和反渗透膜细菌及藻类的繁殖，减少保安过滤器和反渗透膜污堵频次，提高保安过滤器和反渗透膜运行效率。