本发明提供一种微液滴荧光检测系统及方法，其中一种微液滴荧光检测系统，包括：样品保持单元，具有存储待检测样品的样品存储部以及用于对待检测样品形成单层平铺的平铺通道，样品存储部与平铺通道管道连接；光学成像单元，与平铺通道对应设置，用于对处于平铺通道中的待检测样品进行光学成像；流体驱动单元，具有进样剂驱动部，进样剂驱动部与样品存储部可选择贯通，用于通过进样剂驱动部中的进样剂将待检测样品由样品存储部转移至平铺通道中。本发明的一种微液滴荧光检测系统及方法，通过对微液滴分批次进行光学成像，避免了现有技术中芯片面积对ddPCR技术应用的限制，能够实现高通量的微液滴检测。