本发明公开了一种基于生命周期与能值理论的综合能源系统规划方法，包括，构建综合能源系统模型；根据系统模型搭建双层规划模型；输入数据，求解双层规划模型；其中，所述数据区分为网络数据、设备数据和负荷数据；所述综合能源系统模型区分为网络模型、全生命周期成本模型和能值产出率模型；本发明在含可再生能源的综合能源系统上，引入生命周期理论量化全生命周期经济效益，考虑能源站建设、报废阶段的经济效益，完善系统全生命周期成本描述，同时引入能值理论，考虑系统的社会资源输入，精确化系统能源转换效率，对目标函数激进行了修正与完善，为综合能源系统规划提供辅助决策，有助于综合能源系统规划结果。