本发明公开了一种临床数据标准化系统及标准化数据采集方法。该系统包括标准化数据采集平台、数据稽查平台、业务系统；标准化数据采集平台包括：入排标准配置模块、随访计划配置模块、科研元数据管理模块、科研病例管理模块、标准化维护模块、采集模块、服务接口模块、eCRF管理模块。数据采集方法为：医生工作站基于患者要随访的内容生成业务申请单及业务系统数据，再通过标准化池进行数据清洗转换，标准化处理后自动填充进eCRF管理模块的病种库。本发明在充分融合国内外生物医学领域标准编码和服务接口的条件下，对差异化的标准进行后台注释并整合为字典，对于不同的标准后台进行编译，再通过算法进行校正，缩小了误差，降低了偏倚率。