一种用于角膜光交联手术的智能治疗系统，包括：角膜地形图图像采集系统，经配置采集用户角膜地形图图像；光交联手术引导系统，经预训练以通过将角膜激光交联前角膜地形图与预期术后角膜地形图对比来输出光交联手术的参数；治疗前角膜地形图与光交联手术参数对应数据库，用于对所述光交联手术引导系统进行预训练和修正；其中由角膜地形图图像采集系统获取图像，获取到患者的角膜地形图，而后将所述角膜地形图输入由所述治疗前角膜地形图与光交联手术参数对应数据库预训练完毕的光交联手术引导系统，获取到光交联手术的参数。还公开一种智能治疗系统的建立方法。使用本系统，能够对角膜光交联手术提供高效、精准和稳定的治疗引导。