本发明提供一种微生物酶复合制剂及其制备方法和其在处理工业污水或垃圾渗滤液中的应用，涉及污水处理技术领域，本发明所述微生物酶复合制剂，包括EM菌剂、好氧菌蛋白酶和厌氧菌蛋白酶。本发明从活性污泥中提取出的好氧菌蛋白酶和厌氧菌蛋白酶可以为EM菌剂中的好氧微生物和厌氧微生物提供大量的活性酶，提高其初始的反应速率，进而能够显著提高EM菌剂初始的COD去除率，快速将可能打破EM菌剂平衡的污水环境进行改善，因而本发明提供的微生物酶复合制剂可以适用于各种工业污水或垃圾渗滤液的处理。