本发明提供一种基于有限测点的复杂河网水位场插值计算方法，包括勾勒绘制河网中每个河段的中心线或深泓线，得到河网中心线；给定间距，对河网中每个河段中心线进行离散，得到离散节点；对离散后的每个河段首尾节点进行判断，从而得到实测水尺控制点和河网结点控制点；将该水尺水位赋值给该离散点；得到整个河网中心线离散点水位；针对需要插值的一维断面中点或二维网格节点，遍历所有的一维断面或二维网格节点，从而得到整个河网的初始水位场。本发明能有效避免实测数据有限时，采用基于全域空间插值方法引起的水位失真缺陷，能为复杂河网数值计算提供较合理的初始水位场，从而提高数学模型计算的稳定性。