本发明公开了一种基于集成式纳米通道电极分离检测沙门氏菌的方法。阳极氧化铝纳米通道两端处喷涂金层，金层一部分作为电极，金层另一部分作为导电部分，导电部分包裹绝缘物，两端金层的导电部分均用导线引出连接到外部的电源，制成集成式纳米通道电极；金层作为电极反映电化学性能，并且纳米通道本身作为纳米级过滤器，构建集分离和检测于一身的系统；磁性纳米粒子与抗体的复合物捕获样品中的细菌后，保留在集成式纳米通道电极的表面上。本发明提供了一种快速简便的基于集成式纳米通道电极分离检测沙门氏菌的方法，为纳米通道的研究带来了新的思路，并为分离和检测领域提供了新的途径，进一步保障食品和环境安全。