本发明公开了一种基于在线电流优化的多相电机最优容错控制方法及系统，其中，该方法针对具有对称型绕组的多相电机构成的调速系统，包括以下步骤：构造重构矢量，并利用重构矢量对电流指令进行重新分配，得到最小损耗电流指令值；将电机实际相电流进行Park变换，得到电流反馈值；并将其与最小损耗电流指令值输入正负序PI电流控制器中，计算得到正负序坐标下的电机电压指令；对电机电压指令反Park变换，得到各相电压指令；通过正弦波脉宽调制方法将各相电压指令输出，完成电机电流的最优容错控制。该方法可以通过在线计算得到任意断相故障下，最大负载范围内任意负载大小下具有最小损耗的电流指令值，实现极佳的转矩脉动抑制效果。