本发明公开了一种低渗透性土层舱内水位调控沉井姿态方法，包括以下步骤：步骤一、采用区域划分隔墙及井壁，将沉井划分为多个区域，每个区域内隔墙上设置有连通孔，使每个区域内的各个隔舱水位一致；步骤二、监测沉井监测点标高，获得沉井高差数据；步骤三、根据沉井高差数据，在沉井低侧区域内隔舱进行注水压载，提高相应区域内地基承载力；在沉井高侧区域内隔舱进行降水作业，进行降水减荷，减小相应区域内地基承载力，使得沉井在高侧下沉，低侧不下沉，以调整沉井姿态。本发明解决了沉井在淤泥、淤泥质黏土、黏土等低渗透性土层接高下沉阶段姿态难以调整的难题。