本发明公开了一种基于故障行波突变量的直流配电网故障选线方法及系统，所述方法包括：采集直流母线上各条直流线路的直流电压和直流电流量；计算各条直流线路采集点处的反向行波突变量和正向行波突变量；依次判断各直流线路采集点处的反向行波突变量和正向行波突变量的比值是否大于设定阈值；若比值大于设定阈值，则判断该直流线路为故障直流线路，选线功能结束；否则进行下一条直流线路的反向行波突变量和正向行波突变量比值判别，直到所有的直流线路都已进行了反向行波突变量与正向行波突变量的比值判别。本发明保证了直流配电网无故障部分的持续运行，提高了直流配电网供电的可靠性，可以广泛在直流配电网领域中应用。