本发明公开了一种基于误差自诊断的电能计量方法及系统，所述方法包括：通过电流采样回路采集获得电流回路自诊断信号、通过电压采样回路采集获得电压回路自诊断信号；根据所述电流回路自诊断信号、所述电压自诊断信号以及预先装载的计量校表参数依据预设规则，计算得到自诊断脉冲；启动备份时钟，测量所述自诊断脉冲的频率；将所述自诊断脉冲的频率与预存的自诊断脉冲频率标准值进行对比，判断是否符合预设标准；若符合预设标准，则自动启动下一次诊断；若不符合预设标准，则根据对比结果上报故障。所述方法及系统通过增加校表参数自诊断功能，实现自动探知并报警相关软件故障，能够对校表参数做有效管控，同时解决了电能积分时钟故障检测问题。