本发明公开了一种基于里德堡电磁感应透明信号的锁频系统及方法。该系统包括探测光光源、耦合光光源、铷蒸汽池、光电探测器、正弦信号源、信号放大器、锁相放大器以及比例‑积分‑微分控制器；锁频方法利用耦合光光源扫描通过铷蒸汽池的耦合光的频率，获得里德堡电磁感应透明信号，利用交变磁场调制原子能级，实现对里德堡电磁感应透明信号的频率调制，进而得到里德堡电磁感应透明信号的微分信号，即锁频所需要的误差信号，对耦合光激光器进行频率锁定。本发明的系统和方法，适用范围广、线宽窄，同时结构简单、稳定、对环境要求低、成本低，非常适合用于便携式系统的开发。