本发明公开了一种大规模MIMO异构网络系统下基于微小区分簇的导频分配方法，大规模MIMO异构网络系统包括宏基站和多个微基站，宏基站对应多个宏用户，每个微小区范围内对应一个微用户，导频分配方法包括以下步骤：向每个宏用户随机分配正交的导频序列；对每个微小区的微用户进行潜在导频污染计算，并根据计算结果对每个微小区进行分簇；向每个微小区簇分配一个导频序列以使同一微小区簇内的微用户复用相同的导频序列；将系统最小化的总信道估计均方误差作为目标，对每个微用户进行导频分配调整；以实现最佳的宏微异构导频分配，从而实现有效降低导频复用过程中产生的导频污染，保证大规模MIMO异构网络系统的稳定运行。