本发明提出一种基于实际信道衰落统计的非相干水声通信方法及系统，所述方法包括：发射端将待发送的信息比特进行不规则码编码、交织和累加，将累加后的编码比特进行多载波开关键控调制，调制后的信号转化为模拟信号发射至接收端；接收端将接收的模拟信号进行开关键控解调、对数似然比偏置处理、ACC内码交织译码、解交织运算和不规则码迭代译码，迭代门限估计计算，输出译码后的信息比特，完成非相干水声通信；同时统计信道衰落特性，进行不规则码度优化，将优化后的度分布通过控制信道反馈到发射端，用于下一次通信的不规则码编码。本发明的基于实际信道衰落统计的非相干水声通信方法及系统具有频谱利用率高、鲁棒性好的优势。