本发明公开了一种短程反硝化与厌氧氨氧化耦合脱氮一体式系统的启动方法，通过在厌氧氨氧化颗粒污泥中逐步富集反硝化细菌，继而激活该功能菌(反硝化细菌)的短程反硝化进程来实现两种脱氮工艺耦合，具体为：首先在一体式反应器中接种厌氧氨氧化颗粒污泥，然后逐级添加有机碳源来富集反硝化细菌并提升厌氧氨氧化细菌对有机物的适应能力，随后通过将进水中的亚硝酸盐逐步替换为硝酸盐来激活短程反硝化进程，最终当反应器总氮去除率维持在85％以上时，成功实现短程反硝化与厌氧氨氧化耦合脱氮一体式系统的启动。