本发明公开了一种用于内河航道的水上钻孔灌注桩施工装置及其使用方法，包括水上移动平台，水上移动平台的一端上部固定有旋挖机构，旋挖机构由拆除了小臂的挖机、旋挖钻杆和钻头组成，旋挖钻杆竖直安装在挖机的大臂上，钻头安装在旋挖钻杆的头部，钻头下方正对钻孔灌注桩护筒。水上移动平台的两侧均设有定位桩，水上移动平台固定旋挖机构的一端的侧面设有辅助泊稳装置。使用时，依次进行控制基线确定、桩位测量放样定位、埋设钻孔灌注桩护筒、定位水上移动平台、旋挖钻杆对中、钻孔、安装钢筋笼、浇筑混凝土。解决了采用传统工艺进行水上钻孔灌注桩占用水域面积大影响通航、安全调度难、对环境影响大以及施工效率低的问题。