本发明公开了鸭uaa基因及其在MHC单倍型选育中的应用。本发明分离获得4个鸭TAP单倍型的uaa CDS序列，其核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。本发明通过测序和生物信息学分析进一步确定了鸭tap1、tap2、uaa基因紧密连锁，即TAP单倍型能代表MHC单倍型。本发明所分离的鸭uaa CDS序列能够作为分子标记应用于选育MHCI、tap1和tap2均分别达到纯合的鸭品系或者直接应用于全部鸭MHC区域单倍型的选育。