本发明公开了一种特高压多端柔性直流输电换流站系统及其控制方法，该系统包括：两个直流换流站极系统，各个直流换流站极系统之间通过一接地母线区连接；直流换流站极系统具有直流线路接线端、第一接地端和第二接地端；第一接地端、第二接地端接入接地母线区；直流换流站极系统包括：第一三相变压电路、第二三相变压电路、第一柔性直流换流阀模块、第二柔性直流换流阀模块、第一开关电路、第二开关电路、第一电抗器模块、第二电抗器模块及转换开关；该换流站极系统通过双极系统接线方式，其能有效将电压提升至特高压等级，提高系统安全运行的可靠性。