本发明公开了一种热泵热水器及其控制方法，热泵热水器包括：第一水箱，设有第一出水口；第二水箱，设有第二出水口和补水口；热泵系统，设有分别对应第一水箱和第二水箱的换热装置；第一水箱与第二水箱堆叠设置，且第一水箱底部与第二水箱顶部经管道连接，所述管道上设有可控通断的阀门。控制方法包括：热水器根据第一水箱和/或第二水箱的水量和水温控制阀门通断，使第一水箱和第二水箱中的水相互补充。本发明提供的热泵热水器在堆叠设置的水箱上分别设有用水口，供用户选择使用高温水和中温水，还可根据用户所选择的温度部分混合两个水箱中的水，本发明提供的方案降低了再次加热所需要的能耗，同时可满足不同水温的需求，适合推广使用。