本发明提供了一种混合动力船舶的能量控制系统，其特征在于：包括协调控制模块、驾驶室控制模块、供配电检测模块、光伏发电模块、柴油发电机、混合储能模块、直流母线、交流母线和双向逆变器。还提供了一种混合动力船舶的能量控制系统的控制方法，其特征在于：协调控制模块能根据混合储能模块当前的剩余荷电量和直流母线功率变化量，来分别调整光伏发电模块、柴油发电机和混合储能模块的功率输出。按本发明所述的能量控制系统及控制方法来对船舶各能量模块的功率输出进行协调控制和管理，能使船舶混合动力系统的各个能量模块充分发挥各自的优势，相互协调工作，更加充分利用能源，减少能源浪费，在减少环境污染的同时降低船舶的运营成本。